Молекулярное моделирование с использованием высокопроизводительных вычислений и агент-ориентированных моделей
Агент-ориентированный подход становится все популярнее при изучении клеточных систем, но в то же время их сложность требует использования соответствующих инструментов, построенных с использованием высокопроизводительных вычислений.
В работе исследователей из университета Виго (Universidad de Vigo, Испания) и университета Минью (Universidade do Minho, Португалия) рассматривается последовательный и параллельный алгоритмы применительно к трехмерному моделированию отдельных молекул в сложных структурах с использованием агентного подхода. Разработанные подходы позволяют определять расположение молекул с достаточно высокой точностью и, таким образом, выявлять возможные критические состояния изучаемых объектов. Кроме этого, эти подходы реализованы в рамках кроссплатформенного приложения, что обеспечивает возможность построения трехмерных моделей на любой аппаратной платформе и операционной системе. По результатам расчетов, в том числе было выявлено, что параллельные версии моделей демонстрируют высокую производительность при работе с большим числом агентов, а последовательные – для малых и средних групп.
Разработчики отдельно отмечают, что обозначенные подходы могут быть использованы при построении агент-ориентированных моделей для исследования других предметных областей (в частности, социальных и экономических систем).
